Gephyra vormt een brug tussen eerste en tweede graad. Het behandelt in frisse, nieuwe teksten de leerstof die in het nieuwe leerplan van de eerste naar de tweede graad is opgeschoven. Leerlingen met drie lestijden per week kunnen dit onderdeel geheel of gedeeltelijk zien in het tweede jaar. In het derde jaar starten alle leerlingen met het hoofdstuk Prologos van de nieuwe Logoi. Daarna gaan ze over naar Gephyra om de niet behandelde leerstof daarvan af te werken. Vanaf Logos 1 volgt dan materiaal om alle leerplandoelen van de tweede graad te bereiken.